Das ZEE fungiert als zentrale wissenschaftliche Einrichtung; es bündelt wissenschaftliche Einrichtungen innerhalb der Universität, die sich in Forschung und Lehre mit Problemen der erneuerbaren Energien befassen, und schließt Kooperationsvereinbarungen mit außeruniversitären Einrichtungen in den Bereichen Forschung, Lehre und Weiterbildung. Das ZEE ist interdisziplinär und fakultätsübergreifend und umfasst derzeit sieben der elf Fakultäten der Universität Freiburg.
Das ZEE ist zuständig für die praxisorientierte Grundlagenforschung sowie die industrienahe Forschung und Entwicklung. Derzeit laufen die Vorbereitungen für hochkarätige Master- und Promotionsprogramme.
Das ZEE gehört einem Forschungsverbund an, in dem folgende Mitglieder gleichberechtigt sind:
Forstliches Forschungsinstitut

Die Forstliche Versuchs- und Forschungsanstalt in Freiburg ist eine Forschungseinrichtung des Landes Baden-Württemberg mit exzellenter Expertise u.a. im Bereich der angewandten Holzenergieforschung.
Fraunhofer-Institut für Solare Energiesysteme

Das Fraunhofer-Institut für Solare Energiesysteme ist weltweit führend in der angewandten Solarforschung und spielt eine wichtige Rolle auf dem Gebiet der solaren Energiesysteme.
Hochschule für angewandte Wissenschaften Offenburg

Die Hochschule Offenburg ist sowohl in der Lehre als auch in der angewandten Forschung und Entwicklung in den ingenieurwissenschaftlichen Disziplinen bekannt und insbesondere mit ihrem Institut für Nachhaltige Energiesysteme (INES) ein wichtiger Partner im Bereich der erneuerbaren Energien/Energietechnik.
Öko-Institut e.V.
Das renommierte Freiburger „Öko-Institut e.V. – Institut für angewandte Ökologie“ wird sich wirtschaftlich und politisch sowohl im Klimaschutz- als auch im Energiebereich des Zentrums engagieren.
Universität Freiburg
Die Universität Freiburg gehört zu den zehn besten Universitäten in Deutschland. Das ZEE fungiert als zentrale wissenschaftliche Einrichtung; es bringt wissenschaftliche Institutionen innerhalb der Universität zusammen, die sich mit Problemen der erneuerbaren Energien in Forschung und Lehre beschäftigen.